Lai izsargātos no ērču encefalīta, būtiskākais profilakses pasākums ir savlaicīga vakcinācija. Vakcinācija īpaši nepieciešama personām, kuras regulāri apmeklē mežus un krūmājus, kā arī tūristiem, kuri apmeklē ērču encefalīta endēmiskos rajonus.